Ascendió rápidamente y en abril de 2008 fue convocado con el primer equipo para un partido de la Bundesliga. También jugó cinco veces para el equipo reserva, antes de salir en el verano de 2008 para unirse al Bayern de Múnich de la Bundesliga de Alemania. En febrero de 2009, Müller firmó su primer contrato como profesional con el primer equipo, efectivo desde la temporada 2009-10, junto con su compañero Holger Badstuber, del equipo reserva.
