Realizó esta tarea durante dos años, hasta que en noviembre de 1999, tras la marcha de Ronald Koeman, el portugués ocupó su puesto como segundo entrenador del equipo azulgrana. José Mourinho: El portugués acompañó a Bobby Robson cuando este fichó por el FC Barcelona en 1996. Ejerció de segundo entrenador de Bobby Robson durante la temporada 1996-97 (la única del inglés en el banquillo azulgrana), conquistando la Copa del Rey, la Supercopa de España y la Recopa de Europa.
