Sin imponerse nunca en liga, la Copa de Portugal se convirtió en su trofeo preferido: tras caer en la final de 2014/15 frente al Sporting de Lisboa, la entidad pudo resarcirse al año siguiente y levantó el título en 2015/16 ante los portistas por 2-2, camisetas del barça imponiéndose en la tanda de penaltis. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club.
