En la temporada 1996/97, Pedro Villarroel alcanza la presidencia del club y, a pesar del lema de «Nuestra bandera es un Levante de Primera», el equipo regresó a la Segunda División B, camiseta barcelona para volver a la Segunda División A al año siguiente de la mano de Pep Balaguer. El 7 de enero de 2004 se enfrentó al Real Madrid CF en la Copa del Rey donde Iker Casillas tuvo una actuación determinante.
