Conquistaron esta liga en su primera temporada, pero no lo hicieron otra vez hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1916, la cual detuvo todas las competiciones de fútbol en Alemania. En los años siguientes el club ganó algunos trofeos locales y en 1910 el Bayern se hizo miembro de la recién fundada Kreisliga, la primera liga regional de Baviera. El 27 de febrero de 1900 en la ciudad de Múnich, los jugadores del MTV Múnich se reunieron en la posada Bäckerhöfl, ya que recientemente había una disputa entre los jugadores acerca del futuro del club.
