Después de la Guerra Civil el Club pudo reorganizarse, e incluso a mediados de los años 40 obtuvo buenos resultados como su proclamación como campeón de Baleares en 1947. Pero el Club acabó desapareciendo en 1949 por las crecientes dificultades que sufría, debido a la escasa afición al fútbol en Sóller de aquellos años y por problemas económicos. En octavos se enfrentaron al Drumcondra de Irlanda donde consiguieron un abultado marcador en la ida tras ganar 6:0, equipacion barça mientras que en la vuelta cayeron derrotados por la mínima.
